Het  JTC is niet een heel grote school, er zitten rond de 1100 leerlingen op. Toch wordt het door leerlingen en ouders die er voor het eerst komen wel vak als massaal ervaren. Om zich snel thuis te voelen krijgen leerlingen per afdeling binnen het gebouw een eigen leer- en leefruimte worden gegeven.

Er zijn twee fietsenstallingen, één voor de bovenbouw en één voor de onderbouw (klas 1 en 2). Na het stallen van de fietsen gaan de leerlingen de school binnen langs twee ingangen, de onderbouwleerlingen lopen over het eigen onderbouwplein naar de grote achteringang en de bovenbouwleerlingen gaan over het eigen bovenbouwplein naar de vooringang. Ook de lunchpauzes worden in twee groepen gepland. 

Binnen de school zijn er vier leefgebieden. De onderbouw MAVO heeft een eigen afdeling, met eigen lockergebied, eigen leerplein, kamer voor het eigen team, kantoor van de eigen teamleider. Datzelfde geldt voor onderbouw HAVO/VWO, bovenbouw MAVO en bovenbouw HAVO/VWO. Op de eigen afdeling zitten gemiddeld zo’n 250 tot 300 leerlingen. 
Op deze manier hoeven leerlingen tussen de lessen door gemiddeld minder te lopen: ongeveer 60% van de lessen wordt verzorgd binnen de eigen afdeling. Voor practica voor BINAS-vakken, voor muziek en Kunst&Cultuur en voor Sport verlaten de leerlingen hun eigen afdeling en gaan naar de gespecialiseerde ruimten daarvoor.

Kenmerkend voor het JTC zijn de leerpleinen. Dit zijn relatief grote ruimten (tot wel 270m2), waar leerlingen bezig zijn aan hun schoolopdrachten - altijd onder begeleiding van hun docenten! Hier zijn de leerlingen begeleid en zelfstandig bezig met plannen en uitvoeren, samenwerken en verantwoordelijkheid nemen. De begeleiding op deze leerpleinen is intensief, de leerlingen werken er hard en de leeromgeving heeft een uitdagende en inspirerende vormgeving. Het meubilair is gevarieerder dan gebruikelijk in klassen, er zijn ICT-werkplekken en samenwerktafels, er zijn plaatsen waar ondersteunend leermateriaal kan worden geleend, er zijn werkplekken voor de docenten.

Op de begane grond is het Atelier, het leerplein voor Kunst & Cultuur. Op de bovenste verdieping op de kopgevel (de 3^e verdieping) liggen de laboratoria voor de natuurwetenschappen en het Technasium. Onderbouwleerlingen hebben hun thuisbasis op de 1^e verdieping, bovenbouwleeringen op de 2^e verdieping.